A história de Fairy Tail gira em torno das aventuras da guilda(cujo o nome é o mesmo do título do anime) , narrada pelo ponto de vista da protagonista Lucy Heartfilia. Lucy é uma jovem maga de 17 anos que deseja tornar-se uma maga evoluída. Para isso, ela terá que entrar em uma guilda de magos, para ganhar dinheiro para sobreviver e também para aprimorar suas habilidades. Assim sendo, ela chega até a cidade de Hargeon, onde Natsu Dragneel e Happy desembarcam para procurar Igneel, o dragão que criou Natsu como se fosse um filho, e que um dia repentinamente sumiu. Lucy encontra Natsu e Happy ocasionalmente, após se envolverem com um perigoso criminoso que usava o falso nome de "Salamander"(curiosamente a alcunha de Natsu) e tentava transformar Lucy em sua escrava. Após salvar Lucy, Natsu, que é mago de uma das guildas mais famosas, a Fairy Tail, convida a garota a juntar-se a guilda. Assim, Lucy entra para a Fairy Tail, onde começa a viver todo tipo de missão perigosa junto com Natsu, Happy e seus amigos, também magos da guilda, Erza Scarlet e Gray Fullbuster.
